По смыслу градостроительного кодекса РФ, в частности статьи 51, на каждый объект капитального строительства нужно получать отдельное разрешение на строительство. Однако возможна ситуация, когда на строительство нескольких зданий выдается одно разрешение. Такая ситуация возможна в случае, когда эти здание являются одни объектом строительства. Например, строительная компания строит жилые дома 1-ой, 2-ой, 3-ей очереди, при этом разрешение на строительство получается одно, т.к. эти строительные очереди объединены в один объект строительства.

Таким образом, при строительстве двух объектов недвижимости необходимо получать два разрешения на строительство.

Что касается вопроса продажи одного из зданий и оформления земли в этом случае, то в соответствии с земельным законодательством РФ при переходе права собственности на недвижимость, находящуюся на чужом земельном участке, к другому лицу последнее приобретает право пользования соответствующим земельным участком на тех же условиях и в том же объеме, что и прежний собственник недвижимости.
Таким образом, при продаже одного из построенных объектов недвижимости к новому собственнику должно перейти право на земельный участок, расположенный под этим объектом недвижимости, в данном случае права аренды. Тут возможно два варианта: 
1) заключить договор аренды со множественностью лиц - в этом случае два арендатора будут арендовать указанный выше земельный участок;
2) разделение земельного участка на два кадастра и заключение договора аренды на каждый земельный участок в отдельности.